Lo que yo digo es que, abres el FL, haces lo que sea, o nada das a guardar, se te guarda automáticamente en la carpeta de proyectos. Si luego, a la hora de guardar, lo guardas como zip en otra carpeta, si quieres abrir el proyecto, tienes que ir a la carpeta donde hayas guardado el zip (con el zip descomprimido, evidentemente) porque si das a "open" y buscas el que has guardado, aunque tenga el mismo nombre, es el primero que tenías hecho, si se te abre vacío, es posible que le dieras a guardar sin querer sin haber metido nada, es lo único que se me ocurre.